Bringe in einem großen Topf Wasser mit einer Prise Salz zum Kochen. Füge die Makkaroni hinzu und koche sie gemäß der Packungsanweisung al dente (ca. 8-10 Minuten). Gieße das Wasser ab und lass die Makkaroni im Topf stehen.

Erhitze in einem großen Topf 2 Esslöffel Olivenöl bei mittlerer Hitze. Füge die fein gehackte Zwiebel hinzu und brate sie etwa 3-4 Minuten lang an, bis sie glasig ist. Dann den gehackten Knoblauch hinzufügen und für 1 weitere Minute unterrühren.

Gib die gewürfelten Kürbisse und die Gemüsebrühe in den Topf. Lasse die Mischung aufkochen und reduziere die Hitze. Lass den Kürbis ca. 10 Minuten köcheln, bis er weich ist.

Nimm den Topf vom Herd und püriere die Kürbismischung mit einem Stabmixer, bis sie glatt ist. Gebe dann die Milch, Senf, frisch geriebene Muskatnuss, Salz und Pfeffer hinzu und verrühre alles gut.

Füge den geriebenen Cheddar-Käse und den Parmesan zur Kürbissauce hinzu. Erhitze den Topf bei schwacher Hitze weiter und rühre, bis der Käse geschmolzen ist. Verhindere ein erneutes Aufkochen.

Gib die vorgegarte Makkaroni in die cremige Kürbis-Käsesauce und vermische alles gründlich.

Fülle die Mischung in eine Auflaufform und streue nach Wunsch etwas Käse darüber. Heize den Ofen auf 180 °C vor und backe die Kürbis-Makkaroni mit Käse etwa 15 Minuten lang, bis die Oberfläche goldbraun ist.